根据农业部关于印发《无公害农产品产地认定与产品认证一体化推进实施意见》的通知（农质安发[2006]9号）“用二年左右的时间，全面实现无公害农产品产地认定与产品认证工作一体化推进（简称一体化推进），产地认定与产品认证工作机构一体化运作，产地认定产品认证与证后监管同步实施，证书核发与标志使用同步进行的工作目标”。我国从2007年开始实行无公害农产品产地认定与产品认证一体化推进。一体化推进从根本上解决了无公害农产品产地认定与产品认证脱节问题，提高了产地认定和产品认证的工作效率，加快了产地认定与产品认证步伐。
农产品认证除具有认证的基本特征外，还具备其自身的特点，这些特点是由农业生产的特点所决定的。
1．农产品生产周期长、认证的时令性强。农业生产季节性强、生产(生长)周期长，在作物(畜、禽、水产品)生长的一个完整周期中，需要认证机构经常进行检查和监督，以确保农产品生产过程符合认证标准要求。同时，农业生产受气候条件影响较大，气候条件的变化直接对一些危害农产品质量安全的因子产生影响，比如直接影响作物病虫害、动物疫病的发生和变化，进而不断改变生产者对农药、兽药等农业投入品的使用，从而产生农产品质量安全风险。因此，对农产品认证的时令性要求高。
2．农产品认证的过程长、环节多。农产品生产和消费是一个“从土地到餐桌”的完整过程，要求农产品认证(包括体系认证)遵循全程质量控制的原则，从产地环境条件、生产过程(种植、养殖和加工)到产品包装、运输、销售实行全过程现场认证和管理。
3．农产品认证的个案差异性大。一方面，农产品认证产品种类繁多，认证的对象既有植物类产品，又有动物类产品，物种差异大，产品质量变化幅度大，另一方面，现阶段我国农业生产分散，组织化和标准化程度较低，农产品质量的一致性较差，且由于农民技术水平和文化素质的差异，生产方式有较大不同。因此，与工业产品认证相比，农产品认证的个案差异较大。
4．农产品认证的风险评价因素复杂。农业生产的对象是复杂的动植物生命体，具有多变的、非人为控制因素。农产品受遗传及生态环境影响较大，其变化具有内在规律，不以人的意志为转移，产品质量安全控制的方式、方法多样，与工业产品质量安全控制的工艺性、同一性有很大的不同。
5．农产品认证的地城性特点突出。农业生产地域性差异较大，相同品种的作物，在不同地区受气候、土壤、水质等影响，产品质量也会有很大的差异。因此，保障农产品质量安全采取的技术措施也不尽相同，农产品认证的地域性特点比较突出。
